Wyspa posiada trzy międzynarodowe lotniska: Luis Muñoz Marín International Airport w miejscowości Carolina, obsługujące stolicę kraju, Mercedita Airport w Ponce oraz Rafael Hernández Airport w Aguadilla, a także 26 lokalnych lotnisk.

Lotnisko Luis Muñoz Marín jest największym lotniczym węzłem komunikacyjnym na Karaibach, oraz jednym z największych portów lotniczych na świecie pod względem ruchu pasażerskiego i towarowego. Lotnisko posiada dwa pasy startowe. Lotnisko w San Juan oferuje bezpośrednie połączenia do większości dużych miast w Stanach Zjednoczonych, Ameryce Łacińskiej, na Karaibach a także połączenia do Europy. Do Portoryko dolecimy zatem bezpośrednio między innymi z: Montrealu, Toronto, Atlanty, Baltimore, Orlando, Nowego Jorku, Chicago, Detroit, Houston, Panamy, Santo Domingo, Curacao, Antiguy, ale także z Londynu i Madrytu.

Portoryko posiada w sumie 29 lotnisk (dane CIA World Fact Book z 2009 roku) w tym po jednym na każdej z malutkich wysp Vieques i Celebra. 17 lotnisk posiada betonowe pasy startowe, zaś 12 lotnisk dysponuje tylko nieutwardzoną powierzchnią. Większość lotnisk Portoryko było wcześniej bazami wojskowymi US AirForce, które zostały przekształcone w lotniska publiczne. Większość lotnisk (poza głównymi trzema) jest wykorzystywanych przez prywatne firmy lotnicze i oferuje niewiele regularnych połączeń lokalnych i regionalnych.

Warto pamiętać, że na Portoryko obowiązują te same zasady wizowe jak przy wjeździe do Stanów Zjednoczonych.

Główni przewoźnicy - lotniska na Portoryko obsługują między innymi następujące linie lotnicze: Air Canada, Delta, United Airlines, US Airways, Continental Airlines, Iberia, Virgin Atlantic, American Airlines.