Na Borneo można wygodnie dotrzeć liniami lotniczymi Malaysia Airlines, obsługującymi dwa najważniejsze międzynarodowe lotniska w Kuching i Kota Kinabalu. Loty odbywają się regularnie z Kuala Lumpur, Johor Bahru oraz z Singapuru.

Wyspa posiada wiele małych regionalnych lotnisk, Czasem jednak komunikacja regionalna jest możliwa jedynie przy pomocy helikoptera, bowiem teren jest niezwykle rozległy i pokryty nieprzebytym lasem deszczowym.

Do najważniejszych lotnisk na wyspie należą: 

• Lotnisko Kota Kinabalu (BKI)
• Lotnisko Kuching (KCH)

Główni przewoźnicy
Lotniska na Borneo obsługują między innymi następujące linie lotnicze: Malaysia Airlines, AirAsia, Cathay Pacific, Singapore Airlines, Korean Air.