Kościół św. Jakuba jest jedną z najznakomitszych budowli gotyckich na ziemiach polskich i należy do zabytków klasy światowej. O jego wyjątkowych walorach artystycznych świadczy m.in. niezwykle udane nadanie prostokątnemu chórowi sugestywnej iluzji zamknięcia wieolobocznego poprzez specyficzną formę sklepienia prezbiterium i ukośne ustawienie przypór zewnętrznych. Wspaniały wielopłaszczyznowy wschodni szczyt prezbiterium, o bogatej dekoracji maswerkowej, jest zaliczany do najlepszych osiągnięc tego typu.
O niepowtarzalnym i oryginalnym charakterze świątyni decyduje ponadto bogactwo dekoracji, forma detali i użycie różnobarwnie glazurowanej cegły. Również i inne rozwiązania architektoniczne, jak np. zastosowanie wewnątrz sklepienia gwiaździstego, należy uznać za niezwykle twórcze, a w tych wymiarach najwcześniejsze w środkowo-wschodniej Europie; dopiero z Torunia motyw ten przechodzi do zachodnich Niemiec.
Również wiele niezwykłych zabytków wyposażenie wnętrza zajmuje ważne miejsce w historii sztuki polskiej.
Kamień węgielny pod budowę kościoła położył w 1309 r. biskup chełmiński Herman. Fakt ten został upamiętniony wyjątkowym napisem na dekoracyjnym fryzie z gotyckich glazurowanych płytek żółtych i zielonych, który obiega prezbiterium z zewnątrz, jak i wewnątrz.
Fundatorem kościoła byli Krzyżacy, chcąc poprzez wyjątkową formę, wysokie walory artystyczne i zdobność świątyni - nawiązujące do swoich indywidualnych preferencji - zaznaczyć swój prestiż, a jednocześnie kształtować w mieszkańcach miasta ich tożsamość i wspólną więź.
Świątynia ta nieprzerwanie od momentu powstania pełni funkcję kościoła parafialnego dla Nowego Miasta Torunia (w latach 1557-1667 była to parafia protestancka). Przez kilka wieków stanowiła także kościół klasztorny dla pobliskiego konwentu cysterek-benedyktynek.Od 1408 r. w tym kościele działał wikariat Towarzystwa Jaszczurczego, na wpół tajnej antykrzyżackiej organizacji rycerstwa Ziemi Chełmińskiej; tutaj odbywali swoje tajne narady przeciw Krzyżakom.
